结核菌一旦被吸入到人体的肺部，如果个体的抵抗力较强，结核菌的繁殖过程会受到抵抗力的抑制，通常不会大量繁殖造成严重的破坏，也就不会发生结核病，或仅仅发生很轻微的结核病；这类结核病，有的人甚至完全没有感觉，在检查时发现肺部有结核病侵犯后自行痊愈而产生的钙化点。
对于抵抗力较差的人，或一次性吸入了很大量的结核菌的人，身体内的抵抗力可能就不足以抑制或杀灭入侵的结核菌的繁殖。此时结核菌在体内会迅速地繁殖生长，并侵犯肺组织，造成一部分肺的坏死，坏死的肺组织随着痰咯出体外后，甚至可能在肺内形成一个空洞。还有的情况下，一部分结核菌会进入被破坏了的肺部血管，随着血流到达全身的各个部位，如脑（造成脑膜炎或脑结核瘤）、骨（造成骨结核）、肾（造成肾结核）等等。
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