过量的重金属
如铅、镉、汞、砷、铜、铬等。吃这类补药会“发热”、“上火”，让人感到好像很“补”，其实正是重金属中毒的症状。中药材是源于天然的物料，按来源可分为植物药、动物药及矿物药，当中植物药占的比例最高。矿物源于天然的土壤中，本身便含有不同比例的重金属；动物在捕食中可能随食物链的累积而吸收到重金属；而植物则在生长的过程由泥土中吸收到重金属。这些天然物料还会受到外界环境如泥土、空气、水份、农药、肥料等的污染，使其重金属含量增高。另外，由于中成药的生产过程较为复杂，在磨粉、提取、过筛等生产过程中，重金属都有机会从机器的表面剥落而引起污染。此外，某些中成药中重金属的主要来源为以治疗为目的,在处方中加入了矿物类中药如朱砂、雄黄等。这些矿物类中药一般为含砷化合物或汞化合物。
肾脏毒性
最著名的是含马兜铃酸的中药导致肾衰竭的问题，因为涉及名药“龙胆泻肝丸”而轰动一时。龙胆泻肝丸是非常知名且受欢迎的中成药，许多患者也因相信中药药性比西药缓和，经常服用龙胆泻肝丸“去火”。龙胆泻肝丸的历史悠久，收入宋代《和剂局方》中。原药方以木通入药，年因木通资源短缺，药典便以关木通代替木通。关木通和木通是差别很大的植物。关木通属马兜铃科，含马兜铃酸；而木通属木通科，不含马兜铃酸。许多人把龙胆泻肝丸事件归咎于药典出错，把其中的木通换成了有毒的关木通。实际上，除了关木通，含有马兜铃酸中草药还有十几种，包括马兜铃、天仙藤、青木香、广防已等，常常被当成无毒的药物用于“败火”、“排毒”、减肥、治疗心脏病等，它们都能导致肾衰竭。
已知具有肾毒性的中药包括植物类，动物类和矿物类药物：
植物类肾毒中药：雷公藤、草乌、木通、厚朴、益母草、柴胡、夹竹桃、昆明山海棠、板蓝根、泽泻、防已、番泻叶等。
动物类肾毒性中药：斑蝥、鱼胆、海马、蜈蚣、蛇毒等。
矿物类肾毒性中药：含砷类（砒石、砒霜、雄黄、红矾）；含汞类（石朱砂、升汞、轻粉）；含铅类（铅丹）；其他矿物类（明矾）等。
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